安全的飲用水水源，是安全飲用水的基礎條件。水污染防治法新增了對飲用水水源污染風險進行調查評估的要求。以往的做法多是出了飲用水安全問題后，再對水源進行調查與整改。修改后的水污染防治法則要求主動、提前、全面開展調查評估。飲用水水源污染風險調查評估有幾個問題要注意：解決對違法建設和違法排放的執法難問題；落實對飲用水水源強化管理后提出的一些新要求，例如，區域規劃的調整、水源保護區內新確定為污染源的遷出等；與應對水源突發污染相結合，調查確定上游水源突發污染的風險污染物清單，預先制定應急處置措施；形成與完善水源保護的長效監管機制和多部門協同機制。
水污染防治法要求，地方可根據經濟和技術條件，制定重要江河、湖泊的水環境質量標準。但在具體實施中，大部分地方并未因地制宜制定流域性水環境質量標準。專家學者認為，制定水環境標準是治理水污染的重要手段。
水污染后，通過飲水或食物鏈，污染物進入人體，使人急性或慢性中毒。砷、鉻、銨類、笨并(a)芘等，還可誘發癌癥。被寄生蟲、病毒或其它致病菌污染的水，會引起多種傳染病和寄生蟲病。重金屬污染的水，對人的健康均有危害。被鎘污染的水、食物，人飲食后，會造成腎、骨骼病變，攝入硫酸鎘20毫克，就會造成死亡。鉛造成的中毒，引起貧血，神經錯亂。六價鉻有很大毒性，引起皮膚潰瘍，還有致癌作用。飲用含砷的水，會發生急性或慢性中毒。砷使許多酶受到抑制或失去活性，造成機體代謝障礙，皮膚角質化，引發皮膚癌。有機磷農藥會造成神經中毒，有機氯農藥會在脂肪中蓄積，對人和動物的內分泌、免疫功能、生殖機能均造成危害。稠環芳烴多數具有致癌作用。氰化物也是劇毒物質，進入血液后，與細胞的色素氧化酶結合，使呼吸中斷，造成呼吸衰竭窒息死亡。世界上80%的疾病與水有關。傷寒、霍亂、胃腸炎、痢疾、傳染性肝類是人類五大疾病，均由水的不潔引起。
水污染本質上是一個河流水系的污染，它不僅意味著江河湖泊水庫的水體污染，也包括流域污染、河岸及附近水域地域污染、江河湖泊水庫的底泥污染等。流域污染不僅有工業、城市的點源污染，而且還包括更難治理的農業、鄉村的面源污染，而所有這些污染都意味著土地、土壤污染。流域土壤污染、河岸地域污染和水體底泥污染往往難以治理，甚至不可逆。對于那些已經深度污染的土地來說，即使停用化肥、殺蟲劑、除草劑和激素，在很長時間內，土壤毒素仍然會被農作物吸收，例如茶葉有可能20年內仍不達標。
對于廣大流域來說，面源污染是長期持續并且停不下來的(如今非綠色生態的種植模式，靠激素抗生素維持的養殖業、漁業等難以大規模轉型)，它會累積、加深土壤污染，惡化整個流域的水系環境。這里的嚴酷現實是，在“人口高位運行”(即我國人口在10億至14億之間運行)條件下，即使控制住工業、城市點源污染，但整個環境惡化也會持續加深。如果工業、城市的點源污染不能有效控制，那整個流域水系的水環境就會加速惡化。因此，在水污染治理方面，輕言“好轉”“改善”，風險很大，更不用說以“明顯改善”或“總體改善”為目標了。
因此，隨著我國經濟和城市發展腳步的加快，水污染也會隨之加劇，居民能否喝到健康的飲用水需要引起社會各界的關注，解決水污染問題迫在眉睫。現階段我國的專家及學者已經開始研究有效的解決辦法，相信在不久的將來，我國的水污染情況會適當的減輕，居民也不用再為飲用水安全問題擔憂。
